בשנת 1979 תרם ברוך רפפורט הון להקמת בניין בית הספר לרפואה של הטכניון בצמוד לקמפוס בית החולים רמב"ם. מאוחר יותר הקים את מכון רפפורט למחקר בטכניון ועמד לצידם של פרופ' אברהם הרשקו ופרופ' אהרון צ'חנובר, כאשר קיבלו, בשנת 2004, את פרס נובל לכימיה. הוא הקים את מרכז רפפורט לתרבות ואמנות בחיפה, את מרכז רפפורט לחקר ההתבוללות באוניברסיטת בר-אילן, את הגלריה לפיסול ע"ש רות וברוך רפפורט במוזיאון תל-אביב לאמנות, ולימים תרם להרחבת המוזיאון.
לצד תרומתו למוסדות ישראלים ויהודים תמך בטורנירים של גולף וטניס ואף מימן בשנות ה-80 את בניית הארכיון הלאומי של מדינת אנטיגואה וברבודה.
ברוך הלך לעולמו בשנת 2010 כשהוא בן 88 והותיר אחריו את אשתו רות, 4 בנותיו ובני משפחותיהן, הממשיכים את מורשתו וקרן פילנטרופית, קרן ברוך ורות רפפורט, הממשיכה לקיים את משנתו האידאולוגית.