במחקרים נוספים, גילה פרופ' שורק שווירוסים מסוימים יכולים לתקשר ביניהם על ידי שימוש במולקולות קטנות, וכך לתאם את המתקפה על תאי החיידק. מחקריו הם הראשונים שהראו שווירוסים יכולים להשתמש בתקשורת מולקולרית, והובילו להתפתחות שדה מחקר חדש שנקרא סוציו-וירולוגיה ("וירולוגיה חברתית").

תגליותיו של שורק סוללות את הדרך לשימוש בפאג'ים כתחליף לאנטיביוטיקה, וכן לשימוש במולקולות שמקורן במערכת החיסון החיידקית כחומרים אנטי-ויראליים. תרופות המבוססים על תגליות אלה מפותחות היום על ידי מספר חברות שהוקמו לצורך כך על ידי שורק ועמיתיו, וחלקן כבר עברו ניסיונות ראשוניים בחולים.

פרופסור רותם שורק חוקר את יחסי הגומלין בין חיידקים לבין וירוסים המתקיפים אותם, הקרויים פאג'ים. מחקריו מבררים איך פאג'ים, שהם הווירוסים הנפוצים ביותר בטבע, תוקפים חיידקים, ואיך החיידקים מתגוננים מפני מתקפות כאלה. שורק גילה שלחיידקים יש מערכת חיסון מסועפת ומורכבת מאוד, שלא הייתה ידועה למדע עד לפני מספר שנים. הוא הוסיף וגילה שמערכת החיסון החיידקית היא המקור האבולוציוני הקדום של חלקים מרכזיים במערכת החיסון המולד של האדם, שמאפשרים לגופנו להתמודד עם וירוסים. תגלית חשובה זו מאפשרת לנו היום להבין מנגנונים אנטי-ויראליים באדם שטרם היו מובנים עד כה.