תרומתה של פרופסור ברגמן ועמיתיה חשובה גם לחקר תאי גזע עובריים. כדי שתאי גזע יתמיינו לתאים בוגרים עליהם להשתיק את ביטוי הגנים השולטים על זהותם של תאים אלו. ברגמן וצוותה זיהו את כל השלבים בתהליך ההשתקה. תגליותיהם היוו את הבסיס להבנה שה-מתילציה של הדנ״א היא המחסום העיקרי בתהליך הַתִכנות מחדש של תאי הגוף; תחום חשוב בכל שטח ברפואה.

התהליך הדלקתי הוא משתתף חשוב בסרטן ובזִקְנה. פרופסור ברגמן ועמיתיה חקרו את מעורבות האפיגנטיקה בהתפתחות מחלות דלקתיות וסרטן במעי, והראו שהמיקרוביום גורם לשינוי אפיגנטי נרחב המשפיע על ביטוי גנים, הן במעי הבריא והן במעי החולה. במעי הבריא השינוי האפיגנטי מכין את תאי המעי להתמודדות עם מצבי עקה בעתיד, ולכן זוהי השפעה מיטיבה. במעי החולה, המיקרוביום מגביר את המצב הדלקתי המגביר בתורו את התפתחות הסרטן. לתגליות אלו השלכות רחבות ברפואה.

אפיגנטיקה היא חקר השינויים בביטוי גנים באורגניזמים שאינם נגרמים על ידי שינוי בקוד הגנטי עצמו. האפיגנטיקה שינתה מן היסוד את הצורה בה אנו חושבים על הגנום. פרופסור יהודית ברגמן, מבית הספר לרפואה של האוניברסיטה העברית, היא מהחלוצים בעולם בחקר תפקיד האפיגנטיקה במערכת החיסון. צוות המחקר שלה הראה לראשונה כיצד מבוקרת מערכת יצירת הנוגדנים, שהיא אבן יסוד באימונולוגיה. בעבר חשבו שהכרומוזום האחד המייצר את הנוגדנים נבחר אקראית מבין זוג הכרומוזומים שבתא. אבל פרופסור ברגמן וציוותה הראו שתהליך הבחירה אינו אקראי, אלא מתוכנת כבר בזמן ההתפתחות העוברית ומבוסס על מנגנונים אפיגנטיים. גילוי זה הוביל את צוותה של ברגמן להראות שמנגנון בחירה זה ישים לביטוי של 10% מהגנום המתבטא מכרומוזום אחד בלבד. הממצאים האמורים תורמים לתחומים מרכזיים ברפואה; אימונולוגיה, נוירולוגיה, פיסיולוגיה והתפתחות האורגניזם.