מחקרה של פרופ' גיגר עוסק במורכבות של מחלת הסרטן, ומתמקד במיפוי רחב של ביטוי חלבונים, פרוטאומיקה. קיימים מאות סוגים של גידולים סרטניים המאופיינים כולם בחלוקות תאים מוגברות; אולם הגידול מעט שונה אצל כל מטופל, ואפילו בתוך אותו גידול לעיתים מוצאים מופעים שונים. ההטרוגניות הזו היא הבסיס להתפתחות של עמידות לתרופות אנטי-סרטניות, ולחזרה של הגידולים בשלבים מתקדמים, ולכן יש צורך רב בהבנה של המורכבות הביולוגית הזו.
פרופ' גיגר משתמשת בגישה חלבונית, פרוטאומית, למיפוי כמותי של דוגמאות קליניות של גידולים סרטניים, כדי לגלות מנגנוני עמידות לתרופות, ומנגנוני התקדמות של הסרטן. מחקר נרחב נעשה ברמה הגנומית וברמת שעתוק הגנום. עם זאת, השלב הבא של עיבוד הקוד הגנטי – תרגום לחלבון – קיבל פחות תשומת לב מחקרית. ניתוח רמת החלבון מגלם בתוכו גם את המידע הגנטי של התאים, וגם שינויים שמתרחשים במיקרו-סביבה של הגידול, ומשקף את הפנוטיפ הביולוגי.